Manual de php-malware-scanner

php-malware-scanner es un script que analiza diferentes tipos de malware en base PHP que ademas cuenta con una Whitelisting (Lista de archivos que no debe escanear). Este escript lo podemos bajar de este link, una peculiaridad de php-malware-scanner es que se ejecuta desde consola por tal debemos pasar algunos parametros como se muestra a continuacion.

$ php ./scan.php -h
Usage scan.php -d <directory> [-i=<directory|file>] [-e=.php] [--hide-ok] [--hide-whitelist]
-d Directory for searching
-e=.php Extension
-i=<directory|file> Directory of file to igonre
--hide-ok Hide OK aka not infected messages
--hide-whitelist Hide whitelisted messages
--extra-check Adds GoogleBot and htaccess to Scan List
--follow-symlink Follow symlinked directories
Para pode ejecutar este script lo que debemos hacer es burlo a nuestro servidor, posicionarnos en donde subimos el script (llamado por lo regular scan.php) y escribir la siguiente linea de codigo.

$php scan.php -d ./ --hide-ok
Donde 
php       Estamos llamando a php para ejecute algún script.
scan.php  Es el archivo que subimos al servidor.
-d ./     Es el path el cual se va a escanear (./ significa el path actual).
--hide-ok Le indicamos al sistema que no muestre los archivos que estan bien.

Al final nos tiene que mostrar algo como esto:
Selecci%25C3%25B3n 752
Esto nos indica que el archivo 
/wp-content/plugins/wordfence/lib/wordfenceURLHoover.php
esta infectado pero esto se debe a que la libreria wordfence es usada tambien para analizar archivos infectados, asi que se recomienda colocar ese archivo en nuestro Whitelisting.

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